- режим истории начинается с демонстрации разрушенного ядерным взрывом Метрополиса, после чего происходит допрос Бэтменом Джокера, в процессе которого сквозь стену врывается Супермен с намерением убить Клоуна-Принца преступного мира и с обвинениями в обмане о своём мнимом причастии к разрушению. Далее на экране всплывают произошедшие до взрыва события - первая глава сюжета: Бэтмен отправляется в Лечебницу Аркхэм для проверки Джокера, вспоминая о сценах боя героев и преступников Метрополиса: замечены Аквамен (Aquaman), Шазам (Shazam), Думсдэй (Doomsday) и Синестро (Sinestro). Вскоре игрок вступает в бой Дэсстроуком, нанятым Лексом Лютером для убийства героя. После победы Бэтмена действие переносится на космическую станцию, где разразилась битва между известными персонажами DC, а игрок сойдётся в бою 1 против 2 с Бэйном и Лексом Лютором. После этого камера переносится в Метрополис, в центре которого в этот момент Джокер и Харли Куинн устанавливают ядерную боеголовку по приказу Лютора. Бэтмен стремительно спускается на землю, после чего демонстрируется замедленная заставка, в которой Бэтмен бежит к Джокеру, а остальные участники битвы на космической станции спускаются с небес - на этом пока разработчики заканчивают демонстрацию режима сюжета игры;

- создатели называют новый режим сюжета третьей версией: 1 - MK vs. DC Universe, 2 - Mortal Kombat (2011), 3 - Injustice: Gods Among Us. В последнем варианте присутствуют мини-игры во время заставок: например, перед битвой с Лексом Лютором и Бэйном происходит диалог между Бэтменом и Лютором, в процессе которого первый начинает метать бэтаранги во второго, а игрок должен одновременно нажимать определённые кнопки: в случае нажатия правильных бэтаранги попадают в цель, при ошибках - пролетают мимо. Результат - Лютор вступает в бой с потерей определённого объёма здоровья. Другой пример - управление испепеляющим взглядом Супермена, при помощи которого он уничтожает летящие в его сторону машины. Разработчики называют новый режим сюжета полноценным интерактивным фильмом о супергероях;

- из всех перечисленных выше новых персонажей непосредственно в бою авторы статьи видели исключительно Бэйна и Лекса Лютора: первый является силовым бойцом, чей стиль боя напоминает реслинг с использованием захватов; второй относится к классу персонажей, использующих различные дополнительные устройства в бою: он выпускает ракеты и притягивает к себе оппонента.